前言：实验室岗位职责分明、制度化，在此基础上有序、充分而有效地开展各项过程活动，因此，组织结构应全面而不累赘，有效且高效。组织结构可大可小，并非因认可标准要求的过程(要素)多而非得设置庞大的部门系统。
确定组织结构即确定部门、岗位，规定各岗位的职责及其相互关系。组织结构依据所需开展的过程、工作规模以及实验室在企业的管理架构中所处的地位状况而定。由于存在管理、分工和利益等方面的诸多关系，确定组织结构时应注意如下问题：
a)对于实验室内开展的各项过程活动，在对现有的资源状态，如人力、设备物质、工作环境与工作手段等进行分析的基础上，酌情进行资源调整和补充，如增添必要的设备，进行人员重新配置等，以确保各项过程活动能得到充分、有效的开展。
b)对于管理体系运作所必需、但由外部门承担的活动，应适当地设置过程接口，即配置必要的传接、检查或验收的部门或岗位，配置必要的检查验收手段，以确保过程不遗漏、过程衔接通畅和过程质量。例如：为物品采购而设置申购、接受、验收、保管的岗位，配置验收所必需的仪器、工具，配备知识、技能满足要求的人员来承担验收工作等。
c)识别企业内哪些部门与本实验室的工作存在着利益冲突(包括直接的和间接的，显然的和潜在的)，并制定质量政策和相应的措施，如规定职责、权限和其它有关制度，以避免各种利益冲突对实验室工作产生不利的影响。在资源允许时，实验室最高管理者和从事技术操作、核查工作等关键岗位人员为专职人员。
d)根据实验室的实际情况和需要而设置组织
结构。这是为了使实验室岗位职责分明、制度化，在此基础上有序、充分而有效地开展各项过程活动，因此，组织结构应全面而不累赘，有效且高效。组织结构可大可小，并非因认可标准要求的过程(要素)多而非得设置庞大的部门系统。对于规模较小、检测专业项目较少的实验室，可以“一岗多责”、“一人多职”。